《秘密潛入》作為一款特工潛入類遊戲的開山鼻祖，充分發揮了遊戲的特色，遊戲任務多以暗殺，潛伏等為主，通過隱蔽自己，來完成各項任務指標，下麵為玩家帶來各關卡任務流程。
1 * Trainyard
A 任務 逃逃逃： 誤落塵網，奪一老解放逃命。
B 目標 一層半小樓--水塔--了望塔--小院--車庫
C 流程 至右方山牆，沿梯上，至對麵下梯（小心勿摔），得烏茲，開門，現一愛好藝術的小兵，爆頭--這是你開張大吉的時候。另一兵待其衝上時消滅。前進，門口有一按鈕，警報若響可按滅，過道左室有電腦，操作後可暫時關閉警報係統。出門至院落，上左方水塔，殺害一兵得狙擊槍，狙殺對麵了望塔哨兵，沿繩索滑至了望塔（用使用鍵）。 狙擊小院內三名左右巡邏兵，換AK四7，衝梯口一躍而下至屋頂，前行跳下至小院（血如太少，則需下塔繞行翻箱。）衝鋒時殺三名左右敵兵，至門外左前方卡車庫即可。
2 * SAM base
A 任務 炸炸炸： 炸毀敵三輛SAM導彈發射車
B 目標 彈藥庫--三輛發射車--直升飛機場
C 流程 殺前方射擊掩體中兩人及右側彈藥庫一巡邏兵（行有餘力的話，最好將右前方發射車旁兩人一並射殺），右行繞至彈藥庫兩衛兵身後，殺之進門拿彈藥，出門至左方導彈發射車旁（此處兩人如未殺，須小心。）操作引爆裝置，安上感應炸彈後速離（此時不會被爆破）。 其餘兩輛依此辦理，若為保險起見，建議走外側，即先上山，消滅了望塔上下各一人，上塔後射殺發射車旁衛兵，再行至發射車。最後根據地圖指示找到直升飛機場，大搖大擺逛去即可。
3 * Military Airbase
A 任務 鶴翔九霄： 救人未果，險搭性命。（飛機起飛之迅猛，天下第一，注意收看。）
B 目標 雷達站--兵營--塔台--機庫
C 流程 前進至雷達站處，消滅內外各一兵，拾槍（不拾白不拾，否則可置之不理），下山至右側兵營，將衝鋒槍放大瞄準，殺門口一兵（此兵有手雷），隔鐵絲網殺院內一兵（此兵善良），至門口，消滅卡車左邊一兵及崗亭一兵，進入崗亭，操作左牆上開關，打開大門（右為警報，莫觸！）。離開後到斜坡下門左，操作開關開門，進入車庫。跳上左邊平台，殺兩巡邏兵。開小門出去，上梯，至另一邊出口，開門，幹掉院內巡邏兵和水塔上狙擊手。貼牆向水塔前進，殺遠處巡邏兵和右前方二層樓上一狙擊手（耐心）。上水塔得狙擊槍，到二層樓旁，殺從左屋處出來的衛兵，再用狙擊槍消滅二樓一狙擊手和對麵大門口兩兵。進入二層樓，乘電梯至二樓，補血，得狙擊槍。走到院中，至對麵鐵門處，狙殺院內巡邏兵，速進紅色房子。若警報響，速進右邊屋子，按牆上按鈕關掉，消滅衝入衛兵。
進大廳，殺兩兵，從左邊門下斜坡，打開另一門後，第一時間殺死門後衛兵。開門，得總部通知，進入左屋補血，回到大廳，從右邊門出去，上梯至房頂，從另一端下梯至院子（頭暈）。消滅巡邏兵，貼牆前進，殺空地處一衛兵，狙殺對麵控製塔上衛兵。進控製塔上梯至塔頂，可見一梯，下到院子，進入對麵屋子。穿過幾道門，出去往左，至短牆盡頭，速出大門，向跑道對麵塔台方向前進。在跑道上，速狙殺控製塔頂和崗亭兩兵。進入門口崗亭開門，得血，進入身後鐵門，進屋後，殺一衛兵，從另一邊門口出去，消滅塔台邊一衛兵後進入，乘電梯至二樓，上樓梯至塔台頂，操作電腦，取得飛行資料。回到跑道，跑至機庫，可見兩架戰鬥機，走至完好的那架，即一飛衝天。
4 * GOD
A任務 殺殺殺：盡可能多地狙殺敵人（最費眼睛、最不費腦子的一關）。
B目標 水塔
C流程 別在前方兵營糾纏，繞行登上山下的水塔，持狙擊槍，開望遠鏡偵察營地，盡量盡快狙殺以紅色方框代表的敵人，掩護我方突擊隊（綠色方框代表）救人，原則是先殺離突擊隊員近的敵人。一旦突擊隊員死亡超過三人，任務即告失敗。 突擊隊會衝進紅房子，帶著Josef出來時，密切注意灰房子。突擊隊回到直升機即過關。
5 * Rader Base
A 任務 快快快： 關閉雷達等直升機（此關開門次數較多，暴露時間長。）。
B 目標 小樓--雷達站--機場
C 流程 下山至營地，幹掉門口衛兵，殺一巡邏兵，進入左側屋子。乘電梯先到地下室，消滅兩人，進一屋裏拿血。搭電梯到二樓，幹掉兩人，至陽台殺一兵，用榴彈轟擊了望塔衛兵，盡可能在此多殺死敵人。離開此地進入崗亭，按下按鈕，打開左側鐵門，操作電腦，關閉監視器。進剛開的鐵門，幹掉兩邊的衛兵。到第三扇門前，按按鈕開門進入，先至右邊的屋子拿彈藥，然後進入左邊的屋子，一路衝殺出去，從另一邊的門口進入一個院子。
向右進入對麵屋子，消滅裏麵的衛兵。在電腦旁撿一卡（可操縱雷達）。離開後至雷達站，殺門口兩衛兵，進去上二樓，操作機器。離開雷達站往左，看到山下有直升機場。繞過山坡，到右側二層樓後邊，爬梯子到屋頂，消滅上邊的衛兵，下來幹掉一巡邏兵。進入到二樓外邊平台，消滅另一衛兵。離開至機場，幹掉兩個衛兵，靜候直升機。
6 * Get Proboi
A 任務 找找找： 找到炸彈後找發電機，關閉後方可翻鐵絲網炸油罐，然後尋找關於Proboi的資料。
B 目標 兵營--靶場--機房--油罐--辦公室
C 流程 放槍引出三敵人至鐵絲網後，逐一消滅，打掉右前方監視器，通過套間進入院落（其間得一火箭筒），殺兩哨兵，以集裝箱作掩護，擊毀裝甲車。進入左方露天倉庫，搶在一兵按警報前殺之（響則按滅），得火箭筒和手雷。至標有紅十字房屋處，打壞監視器，撬門入，第一時間幹掉桌旁一人，補血，操作電腦。門後是靶場（此時傳來美妙的射擊聲，勿慌），進入後利用集裝箱作掩護，殺死四人，補充大量彈藥（卡車內亦有），也可順便過過癮。離開靶場，一路殺至左前方機房，消滅飛機旁幾人，開門進入，到下麵一層關閉發電機。
上機房後的鐵塔，狙擊下一鐵塔上的衛兵，沿繩滑過去，幹掉塔下兩衛兵，下到地麵（直升機內有一兵，你可以很搞笑地穿牆殺之。）。從山坡繞至基地，狙殺了望塔上衛兵，至兩個圓柱型油罐後的鐵絲網處，翻過去各安一枚感應炸彈於油罐上，迅速翻出狂奔，直到油罐爆炸。回頭往基地右邊走，到了一間大屋子處再翻過鐵絲網，開門進入，內有衛兵。殺後進入一間辦公室，再殺一人後搜索文件櫃，如果沒找到就再殺到二樓，依樣辦理。
7 * Border Cossing
A 任務 過關斬將： 直升機被擊落，這一關又是純粹的逃命。沿大路一衝到底，見人殺人，見鬼斬鬼！
B 目標 小樓--山坳--兵營--兵營
C 流程 開始行動時一窮二白，除了刀子就剩下了牙。 刺死直升機殘骸旁一衛兵，得狙擊槍。沿大路靠左行駛（若踏入雪地易被映襯出來），拐彎後狙擊窗口一兵，快速衝入此樓，一兵閃出，殺。上樓射殺機槍手，拾槍下樓，小心裝甲車（可躲入靠路一邊牆角），待其停穩後，透過窗口狙擊雪地一衛兵及右側血站一兵。出門消滅路對麵雪地一兵，小心至大路，殺前方小樓一狙擊手，補血、拾槍，一路前進。發現一廢墟處兩衛兵，雞肋耳，不妨大度些。沿路左側雪地前進（勿越界，否則觸雷。），見一兵營，有5兵，不忙收拾。此時直升機已被引出至這側，快速衝向路對麵山坳（此處無雷，乃唯一避難所。），和它繞圈--別和它在同一片灰天下，即可。裝甲車此時亦可能出動，依舊是鴕鳥政策。
確認它們下班後，回大路，狙擊兵營5兵。前進，切切消滅路左警報器旁一衛兵，否則裝甲發動。此屋內外各有一人，殺後補血。沿路至下一個兵營，在樹後狙擊路左營區的一巡邏兵和樓上一兵（右側可不管）。順時針走，從卡車邊鐵絲網翻入，見一直升機，順時針繞其周圍矮牆慢慢前進。見崗亭，快速衝入，操作電腦及按鈕，大門訇然中開。出大門，至路邊卡車，過關。